Dagens kyrkje på Fjørtoft er frå 1878. Før det låg det eit lite tømmerkapell frå mellomalderen der. Det gamle kapellet som låg på kyrkjegarden fram til 1878 var eigd av folket på øya. Kapellet fekk gravplass i 1810, før det måtte alle døde førast til Haramsøya for gravlegging. Til dette kapellet sokna også folket på Myklebust på Harøya fram til 1965.
Den nye kyrkja på Fjørtoft vart reist av byggmesiter Stokkeland frå Vestnes, og han tømra først opp råbygget i Tomrefjorden, og flytta det deretter til Fjørtoft. Det er ei langkyrkje med kor, skip og vesttårn, ei kyrkjeform som var den vanlege i andre halvdelen av 1800-talet i Norge. Utvendig står kyrkja kvitmåla og med skifertak.
Innvendig er kyrkja lite endra frå 1878. Både skipet og koret er opne heilt opp til mønet, noko som skapar eit høgt og ope kyrkjerom. Takverket er dekorert med ornament i nygotisk stil,og er styrka med jernstag for å motstå den harde vinden her ute.
Alt inventaret vart nylaga i 1878. På altaret stod først berre eit forgylt trekors, nokre år seinare eit kristusbilete som i dag heng på sørsida av korbogen. I 1939 måla Jonas Person frå Ålesund den noverande altartavla.
Berre nokre frå ting frå den gamle tømmerkyrkja vart overflytta til den nye. Det viktigaste er altarkalken frå 1628, som var ei gåve frå eit skipsmannskap som vart berga frå forlis av folk frå soknet. I koret heng den vesle kyrkjeklokka frå 1520 med innskrifta "Heilag Olav, bed for oss" på latin.