Vatne kyrkje er den tredje kyrkja som har stått på Vatne. Det har vore kyrkje på Vatne i alle fall sidan 1400-talet. Kyrkja som står på Vatne i dag er frå 1868. På same plassen stod tidlegare ei korskyrkja frå 1761, og før det igjen stod det ei gamal stavkyrkje ved Vatnevatnet. Dagens kyrkje vart reist etter dei same teikningane som kyrkja i grannesoknet Skodje frå 1860, berre med små endringar.
Arkitekt var Fritz Meinhardt frå Trondheim, og byggmeister var Gustv Olsen, han òg frå Trondheim. Gustav Olsen leia på same tid utvidinga av Borgund kyrkje, og korbogen i Vatne har fleire fellestrekk med korbogen i Borgund.
Frå den gamle kyrkja vart berre altartavla og altarsølvet overflytta til nykyrkja. Den første vart laga av Jakob Sørensen Giskegaard (Tavle-Jakob) til korskyrkja i 1763, og er noko av det finaste han laga. Midtpartiet av tavla er som ein teikneserie med åtte scener frå Jesu lidingssoge, og på sidene står dei fire evangelistane, Moses, Aron, kong David og nokre englar. På toppen står monogrammet til kong Frederik 5.
Kyrkja stod først med umåla tømmerveggar innvendig, og vart panelert og måla i 1902. Dagens fargesetjing med grønt, gult, raudt og gull stammar frå 1960. På galleriet og preikestolen er det også dekorasjonar i rosemålingstil. Midt i skipet heng ei stor prismekrone frå 1924 som er laga av Johan Tennfjord. Både preikestolen og døypefonten stammar frå 1868 og er fine arbeid i seinklassisistisk stil.